IndesignではIllustratorと違い、座標とサイズが線幅に影響されます。
レイアウトの微調整時には厄介だったりしますが、変形パネルのオプションから設定を変更できます。

[境界線の線幅を含む]のON/OFFで、変形パネルの数値が変化することが見て取れます。

サンプルは、オブジェクトの線幅（0.1mm）が、XY座標とWH（サイズ）に影響を与える様子です。